La villa actuelle est construite en 1862 pour Jean-François Chotard, instituteur à La Bernerie-en-Retz, à l'emplacement d'une maison basse qu'il avait acquise le 17 mars 1857 de Fidèle Leray, marin à Pornichet. Cette première maison apparaît déjà sur le plan napoléonien de 1837, elle est démolie par M. Chotard en 1860. Deux ans après la construction de la villa Kébir, Jean-François Chotard vend la maison à Charles Cassegrain, charcutier à Nantes. L'acte de vente précise que la maison est couverte en tuiles, composée de trois chambres en bas, une cuisine et un cellier, deux chambres hautes. Avant de s'appeler Villa Kébir, la maison porte un autre nom : Ker Polonia, comme mentionné sur une carte postale de la fin du XIXe siècle. Le nom actuel de la villa (villa Kebir) peut signifier "grande villa" mais peut aussi faire référence à un port algérien (Mers el Kebir) qui fut une base navale française en 1835, puis devint la première base navale militaire française et un port-abri anti-atomique de la Méditerranée après la guerre.