Les premières mentions du village de Port-Lavigne datent de la première moitié du XVIe siècle, sous la forme d’indications topographiques. Un aveu du 12 avril 1537 fait état d’une île « nommée et vulgairement appelée l’île neuve, située et assise en la rivière de Loire, entre le Port Lavigne, située en la paroisse de Saint-Pierre-de-Bouguenais, et le Port de la Roche Maurice, en la paroisse de Chantenay, et la Suzanne à Indre ». Vers 1545, Joao Afonso dit Alphonse de Saintonge, représente le « Port de Lavigne » dans une carte de l’embouchure de la Loire associée à sa Cosmographie. Pourtant, le navigateur portugais, au service du roi de France, y commet une erreur en indiquant le village sur la rive nord du fleuve.

Durant le XVIIe siècle, le développement du village de Port Lavigne est associé à l’essor d’un trafic portuaire actif. Il devient le centre d’un commerce de marchandises en provenance du Pays de Retz, en particulier du sel. Les ruines d’un ancien entrepôt laissent supposer une fonction initiale liée au stockage de cette denrée. Au siècle suivant, les cartes d’arpentage de la Loire en aval des ponts de Nantes mentionnent de manière quasi systématique le village au sein d’un réseau dense de ports secondaires ou saisonniers présents en rive sud.

Durant le XVIIe siècle, le développement du village de Port Lavigne est associé à l’essor d’un trafic portuaire actif. Il devient le centre d’un commerce de marchandises en provenance du Pays de Retz, en particulier du sel. Les ruines d’un ancien entrepôt laissent supposer une fonction initiale liée au stockage de cette denrée. Au siècle suivant, les cartes d’arpentage de la Loire en aval des ponts de Nantes mentionnent de manière quasi-systématique le village au sein d’un réseau dense de ports secondaires ou saisonniers présents en rive sud. L’activité commerciale du village de Port-Lavigne repose également sur le commerce de vin en gros. Le recensement de population de 1841 indique la présence de deux chefs de famille exerçant la profession de marchand de vin. Au milieu du XIXe siècle, le village compte une centaine d’habitants dont la plupart exercent le métier de pécheur. Les listes nominatives attestent également la présence de plusieurs douaniers (12 en 1851) affectés à la surveillance et à la taxation des marchandises transitant par le village de Port-Lavigne. Le conseil municipal de Bouguenais souligne d'ailleurs en 1879, que plus de 50 000 barriques de vin sont expédiées chaque année par le commerce local, sans compter les autres marchandises comme le foin, le sable ou les roseaux.

En 1871, plusieurs pétitionnaires de la commune de Bouguenais demandent à l’administration des Ponts et Chaussées de maintenir la communication entre Port-Lavigne et le bras principal de la Loire. Le village, qui concentre les activités du commerce local, est de moins en moins accessible, même aux plus petites embarcations, à la suite des travaux d’endiguement de la Loire et d’amélioration des accès au port de Nantes. Le site portuaire de Port Lavigne apparaît alors comme le seul et véritable port de Bouguenais alors que la commune dispose de plus de 7 km de rives. Pourtant le village ne dispose d’aucun aménagement dédié pour faciliter le chargement et déchargement des marchandises. Pour y remédier, une cale est construite au début des années 1880 à l’est du village, le long de l’étier. En 1887, le maire de Bouguenais obtient l’autorisation de remblayer avec des débris d’usines une partie de la rive en aval de la cale de Port-Lavigne. Le relèvement du terre-plein est facilité par la hauteur élevée du seuil des habitations longeant l’étier.

Dans une lettre adressée à l’ingénieur en chef des Ponts et Chaussées en date du 22 octobre 1891, le maire de Bouguenais soulève la question de l’endiguement à construire sur la rive gauche du bras de Port-Lavigne pour relier le village à la digue latérale gauche de la Loire, soit une chaussée d’accès de plus de 500 mètres de long. L’administration s’oppose de manière temporaire à la construction de cette chaussée, justifiant son choix par le fait que les divers bras situés entre la rive gauche de la Loire et la digue voisine, depuis Trentemoult jusqu’à Port-Lavigne et au-delà, jouent un rôle très important dans l’écoulement des eaux d’inondation. C’est d’ailleurs pour ce motif, que tous les dépôts de produits de dragages dans cette partie de la Loire furent prévus sur la rive droite. Néanmoins, les Ponts et Chaussées envisagent dès cette époque de trouver sur la rive gauche de nouveaux dépôts de dragage comme le faux-bras en aval du village de Port Lavigne. Toutefois, c’est seulement en 1903 qu’est construite la digue de Port Lavigne sur une longueur d’environ 400 m, en bordure de l’ancien bras de Bouguenais pour limiter un dépôt de produits de dragages du Service maritime de la Loire. Ces dépôts constitueront les atterrissements domaniaux dits de « l’île de la Fourche ». Pour appuyer cette digue, un remblai est constitué par les scories issues des usines de Couëron et servi dès lors de chemin aux populations riveraines, prolongeant le chemin vicinal ordinaire n°3 de Bouguenais qui s’arrêtait jusque-là à l’ancienne cale établie à l’amont du village de Port-Lavigne. En novembre 1904, la commune de Bouguenais obtient l'autorisation de prolonger jusqu’au village la chaussée de la digue de Port-Lavigne, réalisée quelque mois auparavant, à l’aide de débris provenant de la démolition imminente du vieux clocher de l’église du bourg.

Comme de nombreux ports de la Basse-Loire, celui du village de Port-Lavigne a connu un processus d’envasement important durant la première moitié du XXe siècle. Toujours relié à la Loire par l’étier de Bouguenais, la petite agglomération conserve un caractère pittoresque aux portes de la ville de Nantes. Bien qu’envasée, la cale témoigne de la vocation portuaire du village dont l’activité perdure avec le port à sec établi à l’extrémité de l’ancienne chaussée reliant Port Lavigne à la Loire.