Aucune construction ne figure à cet endroit sur la carte des marais du Petit-Poitou par Siette en 1648. La cabane a dû être créée, comme beaucoup, à l'issue des dessèchements de marais, dans la seconde moitié du 17e siècle ou au 18e. La carte de la région par Claude Masse, en 1701, semble situer une propriété à cet endroit, sans précision. La cabane du Petit Bot Neuf figure de manière plus assurée et explicite sur la carte de Cassini au milieu du 18e siècle. Parmi les éléments aujourd'hui observés, les vestiges de cheminée déposée pourraient remonter au début du 18e siècle.

Lorsque la Révolution éclate, le Petit Bot Neuf appartient à Thomas François Priouzeau. Né à Marans en 1756, fils de cabaniers marandais, il est vicaire de Sainte-Radégonde-des-Noyers en 1781 puis de 1785 à 1789. Vicaire d'Antigny, il refuse de prêter serment à la Constitution civile du clergé en 1790. Interné comme prêtre réfractaire à Fontenay-le-Comte en mars 1792, il est déporté en Espagne en septembre. Il reviendra en France à la faveur du Concordat de 1801 et sera curé de Taugon jusqu'à sa mort, en 1827.

Parmi ses biens saisis comme biens nationaux, le Petit Bot Neuf fait l'objet d'une expertise pour estimation, le 6 fructidor an 2 (23 août 1794). La propriété est alors gérée par son frère, Jean Etienne Priouzeau, demeurant à Sainte-Radégonde-des-Noyers. Elle est ainsi décrite : "une chambre basse portant plancher par dessus (...), une cuisine, une autre petite chambre à côté servant de cellier, une laiterie, une petite chambre dans le coin du jardin, un colombier dans le bas duquel est construite des latrines, une petite grange en forme d'appentis, une poulaillerie, un toit à cochon, une cour, un jardin renfermé de murs, dans lequel est construit une petite charmille, et finalement une ouche aussi renfermée de murs". Le tout est estimé 20800 livres.

Le Petit Bot Neuf apparaît ensuite sur le plan cadastral de 1834. Le logis a alors une emprise au sol différente d'aujourd'hui, les dépendances actuelles n'existent pas, au contraire du petit port ou abreuvoir, relié à un réseau de fossés qui délimitent un jardin, une cour et un verger. La propriété appartient alors à Pierre-François Rouzeau de la Girardière, notaire à Luçon. Le domaine est ensuite acquis par Laurent Galliot (1811-1869), propriétaire terrien et maire de Sainte-Radégonde-des-Noyers, époux de Marie-Jeanne Soulard. Il y demeure et procède à un agrandissement en 1855, selon le cadastre. C'est sans doute à cette occasion que le logis et le pigeonnier prennent leur aspect actuel, et que les portails et les dépendances au nord-est sont construits. Laurent Galliot s'éteint au Petit Bot Neuf le 24 novembre 1869.