L'église Saint-Germain de Sceaux-sur-Huisne est approximativement orientée : le chœur se trouve face au sud-est. Son plan est simple : une nef rectangulaire, un chœur à chevet plat contre lequel s'appuie la sacristie en appentis, une tour-clocher carrée accolée au sud de la nef.

La nef, couverte de tuile plate, présente une maçonnerie irrégulière de moellons de tailles et de provenances diverses, calcaire, grès, grès roussard, mais aussi fragments de briques. Plusieurs reprises et anciennes ouvertures sont visibles. Le mur-pignon est percé d'une grande porte chanfreinée en plein cintre, surmontée d'une petite fenêtre gothique trilobée. Le mur sud présente également une porte chanfreinée en plein cintre, sous un arc de décharge plus grand qui laisse supposer qu'une autre porte plus large occupait auparavant cet emplacement. De chaque côté, la nef est éclairée par une grande baie en plein cintre. On remarque, à la jonction de la nef et du chœur, côté sud, un pierre sculptée d'un décor : il s'agit peut-être du linteau remployé (et renversé) d'une baie romane, avec son décor de faux claveaux.

Le chœur, plus élevé que la nef, est couvert d'ardoise et présente un chevet plat à pignon découvert, dont la grande baie (aujourd'hui condamnée par le retable) possède un remplage flamboyant. Une autre grande fenêtre, sur le mur sud, a été obstruée par la sacristie. Le mur nord est percé de deux baies en plein cintre similaires à celles de la nef.

La tour du clocher, épaulée par deux contreforts d'angle, est principalement construite en calcaire, mais le grès semble dominer à mi-hauteur. Elle présente à sa base deux portes en anse de panier : l'une est murée, l'autre possède une agrafe en pointe de diamant. Celle-ci est surmontée d'une fenêtre en arc brisé. Les petites baies des niveaux supérieurs sont en plein cintre ou en arc segmentaire. La tour est coiffée d'un toit en bâtière couvert de tuile plate, dont les pignons découverts sont ornés de choux frisés et de fleurons (ces derniers ont été restitués au XXe siècle). Quatre sculptures, pour certaines érodées, sont disposées en acrotère : un dragon est clairement identifiable, les autres pourraient être un lion, une sirène et un griffon (?). Disposée en appentis contre le chœur et le clocher, la sacristie, couverte d'ardoise, est éclairée par deux fenêtres divisées par un meneau et à linteaux ornés d'accolades.

A l'intérieur, les murs de la nef et du chœur sont aujourd'hui dépourvus de toute ornementation, à l'exception d'un vestige de décor peint sur le mur nord de la nef, de toute évidence laissé inachevé : il comprend des bandes jaunes et rouges et un dessin préparatoire formant des lignes et une croix de consécration. On peut également voir les vestiges d'une inscription. Une niche en plein cintre est aménagée dans le mur sud. Le décor sculpté se concentre dans la chapelle sous le clocher (chapelle de la Vierge), accessible depuis la nef par un grand arc brisé. La voûte sur croisée d'ogives possède une clé ornée d'un ange (qui portait autrefois des armoiries) et reposant sur des culots sculptés. Deux subsistent, l'un avec un ange portant un écu avec une fleur de lys, l'autre avec un personnage accroupi, sans doute un moine. Les vestiges d'une litre funéraire sont également visibles.

Le lambris à sept pans ainsi que les entraits et les poinçons de la charpente ont reçu en décor peint, aujourd'hui en grande partie effacé. Les motifs du lambris, géométriques et végétaux, ont été réalisés à main levée. Les traces d'une inscription ont été relevées, avec peut-être une date (..40 ?) mais celle-ci est malheureusement trop altérée. Au sous-faîtage sont fixés des petits panneaux de bois ornés pour certains d'armoiries, et pour la plupart de motifs cosmiques, soleil, étoiles et lune. Sur l'un des entraits subsiste une pièce de menuiserie qui pourrait être le vestige d'une clôture séparant la nef des paroissiens du chœur des moines du prieuré, probablement supprimée à la Révolution.

Le mobilier de l'église se compose d'un grand retable du XVIIIe siècle occupant tout le mur est du chœur, avec autel de marbre, et d'un autre retable plus petit dans la chapelle sous le clocher, dédié à la Vierge. La statuaire des XVIIe et XVIIIe siècle, protégée au titre des Monuments Historiques, est abondante : on trouve les statues de la Vierge à l'Enfant, de saint Joseph, de saint Roch, de saint Étienne, de saint Léonfort, de sainte Barbe, de saint Germain patron de l'église, de sainte Apolline et un groupe de l’Éducation de la Vierge. La porte qui donne accès à la sacristie, de la fin du XVIe siècle ou du début du XVIIe siècle est également remarquable et proviendrait du clocher. La cloche, a été offerte par les paroissiens et fournie par les ateliers Bollée du Mans en 1894. Les cadrans de l'horloge, également placés en 1894, se trouvent désormais dans le grenier de la mairie.