Cette digue, aujourd'hui seconde dans sa partie orientale et troisième dans sa partie occidentale, constituait jusque dans les années 1770 la digue première enserrant la baie de l'Aiguillon sur son côté nord-est et sur la rive droite de l'embouchure de la Sèvre Niortaise. Au Moyen Age déjà, une digue première passait à proximité, en arrière de cette digue. Appelée "bot de Relais" ou "bot de Garde", elle avait probablement été construite au 13e siècle. Elle était interrompue par le chenal du Commandeur (actuel canal de l'Epine), d'une part ; d'autre part, par un canal disparu, le canal de Bourdeau ou des Bordes, qui passait vers l'actuelle ferme de la Prée Mizotière (le fossé entre la Petite Touche et la Balise en reprend peut-être l'itinéraire). Endommagée lors de la guerre de Cent ans, la digue est mentionnée dans un hommage rendu en 1450. Elle est comprise dans les travaux de relèvement menés autour de la baie de l'Aiguillon en 1526, mais est abattue lors des guerres de Religion. Le "Vieux Bot" apparaît toutefois encore en 1648 sur une carte des marais desséchés entre Luçon et Marans.

Le dessèchement des marais de Champagné, réalisé à partir de 1651, aboutit à la création d'une nouvelle digue première sur la rive droite de la Sèvre Niortaise et le côté nord-est de la baie de l'Aiguillon, en avant de l'ancien bot de Garde. La digue du Vieux Marais de Champagné vient ainsi relier les portes des Amarres, à Champagné, à la porte de l'Epine ou de la Balise. Le 12 décembre 1652, l'assemblée de la Société des marais du Vieux desséché de Champagné constate que les travaux de creusement du canal de ceinture, au pied de la digue, sont en cours. Le 22 février 1653, on annonce que "la clôture [c'est-à-dire la digue] est presque toute faite du côté de la mer". Lors de la même assemblée, il est toutefois précisé que la digue doit se prolonger vers l'est, au-delà de la porte de l'Epine puis de la Prée Mizotière, jusqu'aux rives de la Sèvre Niortaise, en aval de l'anse du Brault. Un accord est alors conclu avec le commandeur de Puyravault qui autorise la Société du Vieux marais de Champagné à passer sur ses terres.

La nouvelle "digue ou levée pour empêcher l'inondation des marais" apparaît sur la carte de la région par Claude Masse en 1701. Sur la carte de Cassini, au milieu du 18e siècle, elle figure encore en première ligne face aux vases de la baie de l'Aiguillon, de même que sur la première carte d'ensemble du Marais poitevin, par Jacques Parent, en 1767. A cette époque, l'envasement de la baie et le recul du trait de côte permettent d'envisager une nouvelle poldérisation au-delà de la digue. La digue du Nouveau desséché, à l'ouest du chenal de l'Epine, est ainsi construite dans les années 1770, tout comme la digue qui poldérise la Prée Mizotière, à l'est. Cette nouvelle ligne de protection devient alors la digue première, et l'ancienne digue du Vieux Marais de Champagné est reléguée au rôle de digue seconde, sauf au niveau de la porte de l'Epine où elle tangente toujours la dernière boucle de la Sèvre Niortaise. Toujours à l'abri derrière la digue, les marais du Vieux desséché de Champagné sont désormais gérés par une société du même nom, constituée le 3 avril 1777. Lorsque, en 1873-1874, la digue des Prises ou digue d'En Bas est construite, la digue du Vieux desséché de Champagné est reléguée, dans sa partie occidentale, au statut de digue troisième.

La partie orientale de la digue, entre la porte de l'Epine et le Brault, est submergée lors de la tempête Xynthia en 2010. Elle est ensuite réhabilitée, déplacée au sud de la route, et modifiée dans son tracé au niveau de la Petite Prée pour protéger cette habitation.