La construction d'un barrage à l'embouchure du nouveau canal envisagé entre Damvix et Bazoin, est prévue dès les années 1820 par l'ingénieur Mesnager dans le cadre de son programme d'aménagement du bassin de la Sèvre Niortaise. L'ouvrage permettra de réguler le niveau d'eau dans le canal en hiver comme en été. Mesnager en présente les devis, cahier des charges et détail estimatif le 25 mars 1826. Il prévoit alors un barrage à vannes avec pertuis marinier central à poutrelles, de 5,20 mètres de large, encadré de neuf petits pertuis à vannes.

Le projet est toutefois reporté, et ce n'est qu'après l'ordonnance royale de 1833 sur les grands travaux dans le bassin de la Sèvre, et alors que le creusement du canal du Nouveau Béjou va commencer, que la construction de son barrage de tête peut enfin commencer. L'adjudication des travaux est faite le 21 juillet 1835 au profit de M. Pillias, entrepreneur siégeant à Vix, pour 13349 francs. Le devis et l'avant-métré du barrage sont toutefois révisés et représentés le 10 février 1836. Le barrage projeté fera 17 mètres de large, entre deux culées en maçonnerie. Il comprendra une pile centrale placée à 5,20 mètres de la culée de rive droite, formant un pertuis à poutrelles. L'autre pertuis, rive gauche, plus large, sera divisé par des fermes de charpente en sept pertuis à vannes. De part et d'autre de l'ouvrage, les abords seront maintenus par des perrés en maçonnerie. Le projet prévoit aussi la construction d'une maison éclusière au droit du barrage, rive gauche, pour assurer la surveillance et la manoeuvre du barrage.

La construction du barrage commence au printemps 1836 mais dès le 15 septembre, Pillias est mis en demeure d'achever les travaux. En avril 1837, un surcoût est accepté et, en novembre, on décide de faire franchir la partie marinière du barrage, rive droite, par un pont levis. L'ouvrage sera modifié en 1863 : tout en conservant la culée de rive droite, la plus étroite, l'autre, plus large, sera subdivisée en trois de largeur égale (2,90 mètres).

Le barrage est reconstruit durant l'été 1961, une opération d'envergure menée par l'entreprise Truchetet et Tansini, de Paris, et qui s'inscrit dans le cadre des Grands travaux des marais de l'Ouest, comme l'ensemble du site de Bazoin. Le barrage est déplacé environ 50 mètres en amont de l'ancien. Dans l'objectif de plus que doubler le débit du barrage, on remplace ses quatre anciens pertuis à poutrelles par deux pertuis à vannes levantes, tout en abaissant aussi le niveau du radier. Le nivellement sous celui-ci est réalisé à l'aide de terre, de pierres et de fascines de roseaux.