Active jusque dans les années 2000, l'auberge de la Croix des Mary a été créée à l'occasion de la construction des ponts dans les années 1850-1860. Il existait auparavant un petit bâtiment figuré sur le plan cadastral de 1835 et appartenant alors, comme la chaussée venant de la Pichonnière, à François Simonneau (1783-1853), également propriétaire de la Pichonnière. Ce bâtiment se situait toutefois plus au sud-est, à l'emplacement de la maison voisine actuelle. L'auberge a été construite un peu plus à l'ouest, le long de la voie reliant les deux nouveaux ponts, à la place de l'antique chaussée (comme le montre le plan cadastral rénové vers 1950), et donc sans bâtiment préexistant.

Le bâtiment semble avoir été édifié en 1856, selon le cadastre, pour le compte de François Simonneau (1817-1880), de la Pichonnière. Il apparaît en tout cas sur un plan des lieux établi en 1857, du moins pour sa partie sud (il a été agrandi vers le nord par la suite), puis sur un autre plan en 1863. Il est alors question d'y établir le logement du préposé au pont mobile et au péage des ponts de la Croix des Marie en cours de construction. Dans son projet présenté le 14 mars 1857 pour la construction des ponts, l'entrepreneur Egysthe Lebreton prévoit l'édification de ce logement entre les deux ponts, une idée alors écartée. En février 1862, Eugène Léopold Crevet, nouvel entrepreneur de chantier, relance le projet de logement, préconisant cette fois de le construire sur la rive droite du canal de dérivation (actuel 3, la Croix des Mary), tandis que François Simonneau propose plutôt de mettre à disposition le bâtiment qu'il possède sur l'îlot. En 1866, l'Etat décide finalement d'établir le logement dans une autre maison, appartenant aux héritiers Girard.

Entre temps, le bâtiment Simonneau situé sur l'îlot semble bel et bien accueillir une auberge. Au recensement de 1861, François Gouvrit (1816-1867), époux de Marie Marolleau, est aubergiste à la Croix des Mary, métier qu'exerce en 1886 Henri Gaudin (1856-1944), époux de Modeste Richard, puis en 1896 Théodore Fillonneau et Lucile Audouit (qui s'établiront ensuite à Taugon, 3 rue du Marais), et, en 1901, Jules Bordet (1868-1955) et Yvonne Magné son épouse. Jules Bordet n'est plus qualifié que de charretier en 1906. En 1926, Louise Alard, épouse de Gustave Drillaud, est cabaretière à la Croix des Mary, puis Marie Gazeau en 1936. Restauré (et en partie remanié) en 1960, l'auberge devenue café a alors été tenue par M. et Mme Grolleau. Dans les années 1990-2000, elle a pris le nom d'Auberge du Vieux batelier, avant de cesser ses activités.