L'hypothèse d'une reconstruction de l'église, déjà évoquée à la fin du XIXe siècle, revient sur le devant de la scène en 1969 lorsque l'ancienne église et surtout son clocher donnent d'inquiétants signes de dégradation et d'inclinaison. Si l'architecte Jean-Baptiste Durand, de La Roche-sur-Yon, est contacté pour envisager la consolidation de l'édifice, le conseil municipal, dirigé depuis 1965 par Roger Martineau, réfléchit finalement à une reconstruction totale. En 1971, le maire propose au curé, l'abbé Hubert You, de regrouper l'église, le presbytère et les autres dépendances paroissiales en un seul site, celui du presbytère, une option rapidement écartée au profit d'une reconstruction à la place de l'ancienne église. Le 27 septembre 1971, les architectes Guy Durand et Yves Ménard viennent à Vix pour évaluer d'une part le coût d'une réfection de l'ancienne église, d'autre part celui d'une église neuve. Le 13 octobre, ils présentent leur verdict : 340 503 francs pour la première option, 406 640 francs pour la seconde.

En attendant une décision définitive, la tempête du 13 février 1972 donne le coup de grâce à l’ancienne église, fermée au public par arrêté du maire le 22 mars. En octobre, la décision finale est prise de démolir l'ancienne église pour la remplacer par une nouvelle. Un premier projet est présenté en octobre-novembre 1972 par les architectes associés Durand et Ménard. Ils proposent une implantation au plus près de l'ancienne église dont l'abside deviendrait le baptistère de la nouvelle église. Au nord, celle-ci serait reliée par un passage couvert, à travers un jardin, à l'ancien chai de la seigneurie voisine, transformé en sacristie (actuelle chaufferie). Une autre variante propose d'envelopper l'ancienne abside dans la nouvelle construction pour y établir le baptistère mais aussi la sacristie. Dans tous les cas, Durand et Ménard proposent un clocher séparé de la nef, similaire à celui de l'église Saint-Luc de Rennes. A l'exception de ce dernier principe, le projet est modifié un an plus tard, le 26 novembre 1973, à la demande du maire, d'où des difficultés administratives et financières, en partie résolues par un emprunt et par une collecte auprès des paroissiens. Le projet définitif est approuvé le 3 décembre 1973.

D'un montant de 420 000 francs, les travaux sont adjugés le 8 janvier 1974, alors que la démolition de l'ancienne église a déjà commencé depuis le 17 décembre. Le gros-oeuvre est confié à l'entreprise Henri Brunet, de Luçon. Le chantier de construction ouvre le 12 février et avance bien au cours des mois suivants. La première pierre est posée le 5 mars ; un parchemin et une photographie du conseil municipal sont scellés dans l'angle gauche (sud-ouest) du bâtiment. Les travaux se déroulent au cours du printemps : d'abord la nef puis le clocher. La réception provisoire des travaux a lieu le 31 juillet. Les clés de la nouvelle église sont officiellement remises au curé You le 21 octobre. La première messe y est célébrée le 27. Après la réception définitive des travaux, le 15 septembre 1975, la bénédiction de l'édifice n'a lieu que le 2 octobre 1976, au cours d'une cérémonie présidée par Mgr Paty, évêque de Luçon. Le 11 mars 1977, la commune achète à l'association diocésaine une partie de l'ancienne sacristie, au nord de l'église, où a été établie la chaufferie de celle-ci.