Le cimetière paroissial de Sceaux-sur-Huisne occupait primitivement le flanc sud de l'église où il figure encore sur les plans du XVIIIe siècle. La croix était toujours en place sur des photographies du début du XXe siècle, et son socle était encore visible avant le réaménagement du centre-bourg réalisé en 2012. Il fut translaté à la périphérie du bourg en 1826, comme le rappelle la date inscrite sur les restes de la croix de cimetière, aujourd'hui déposée. Le terrain fut offert à la commune en 1819 par M. Nezan, propriétaire de l'ancien prieuré de Sceaux, contre une portion de l'ancien cimetière pour y construire une écurie, contre le chevet de l'église. Lors de la réalisation du cadastre napoléonien de la commune, en 1831, le cimetière est donc déjà à son emplacement actuel.

En 1866, Madame Cohin, veuve Cottereau et châtelaine de Roche et de la Princetière, propose à la commune d'offrir trois ares de terre pour l'agrandissement du cimetière, sous la réserve d'un espace pour la construction d'une chapelle funéraire familiale. L'affaire engendre des complications entre le conseil municipal et la donatrice, si bien que celle-ci retire son offre en 1869. La chapelle est néanmoins construite à titre privé, le terrain sera finalement cédé à la commune par la famille en 1881, suite au décès de Mme Cottereau. Le mur du cimetière est partiellement refait à plusieurs reprises au cours du XXe siècle. Une extension et un nouveau portail sont réalisés dans le 4e quart du XXe siècle.

Un autre cimetière a existé au bourg de Sceaux, entre la Princetière et la Bourdaiserie (actuellement rue de l'Huisne, à droite en descendant). Appelé le "Grand cimetière", il relevait semble-t-il à la fois du prieuré et de la cure. En 1693, le curé en vendit une portion au notaire Pierre Gouhier, "d'autant que ledit cimetière est trop grand et inutile, n'y faisant aucunes sépultures". Bien qu'inutilisé, le cimetière apparait néanmoins dans les archives du prieuré jusqu'à la Révolution et figure notamment sur les plans terriers du XVIIIe siècle, avant d'être définitivement aliéné. Il n'a laissé aucune trace, si ce n'est peut-être les murs en moellons qui entourent son ancien emplacement.