Le commanditaire de ce "Grand-logis" est inconnu. En 1637, Charles Prudhommeau, sieur du Chaumineau et Charlotte de Villais vendent 12000 livres "la maison qui sert de communauté aux Dames de la Miséricorde", à Renée Éléonore de Moussy et Jean-Baptiste Robin seigneur de La Tremblaye pour y établir les religieuses de Sainte-Claire.
En 1705, le grand-logis est divisé entre deux propriétaires et plusieurs locataires lorsqu'il est vendu à François Fontaine de la Crochinière pour respectivement 3000 et 6000 livres. Il fonde une maison de charité sur le modèle de la Maison de la Miséricorde de Paris et construit probablement la chapelle qui n'est pas mentionnée au XVIIe siècle. A la fin du XVIIIe siècle, la chapelle se dote d'une sacristie. Au XIXe siècle, l'hôpital Sainte-Anne ou hôtel-Dieu est transformé en hôtel-de-ville puis en école de filles. L'hôpital est transféré dans la maison de la Miséricorde. Au cours du XIXe siècle, le bâtiment est aménagé, d'abord par l'architecte Sevin, puis par Vivier. Ce dernier a transformé la travée centrale de la façade antérieure.
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