Les sondages archéologiques menés au Marillais à l'embouchure de l'Èvre et de la Loire de 2006 à 2008 ont permis de mettre au jour des vestiges importants de meunerie hydraulique des VIIe-Xe siècles. La diversité des pièces découvertes — un peu plus de 250 éléments sur une surface fouillée d'environ 50 m² – a permis de restituer plusieurs installations meunières distinctes, sans doute de moulins-bateaux, vraisemblablement à mettre en relation avec l'implantation de l'abbaye de Saint-Florent-le-Vieil. Ces artefacts sont à l'heure actuelle les plus anciens vestiges d'activité meunière sur le territoire de Mauges-sur-Loire.

Les premières mentions des moulins du Vieux-Bourg du Marillais apparaissent à la fin du XVe siècle dans les sources écrites. En 1548, le cellérier de l'abbaye, Claude Errault, déclare au lieutenant général du sénéchal d'Anjou ses moulins "tant fromentier que saiglier" situés sur l'Èvre. Si la date de leur implantation n'est pas connue, il est possible qu'ils aient remplacé les moulins-bateaux disparus. Le moulin à seigle est ruiné lors de l'inondation de 1709. Il est reconstruit en 1712 par ses nouveaux bailleurs qui sont autorisés à prélever des arbres dans les Bois-de-la-Vallée au Mesnil.

En 1827, le cadastre figure les deux moulins du Vieux-Bourg alimentés par une chaussée barrant l'Èvre. En 1861, un seul des deux fonctionne encore. Exploité par Pierre puis par René Bruneau, il ne tourne que 5 ou 6 h par jour du 24 juin au 8 septembre, les eaux de la Loire l'empêchant de tourner le reste de l’année. Mue par une chute d’un mètre, la roue entraîne à cette époque deux paires de meules pouvant tourner simultanément et une bluterie d’assez grande dimension. Sa force motrice est de six chevaux-vapeur. La cage de l’usine construite en pierre occupe une surface de 40 m2. Elle ne possède qu’un rez-de-chaussée renfermant la roue motrice, les engrenages, les deux paires de meules et la bluterie.

Outre les moulins à eau du Vieux-Bourg, la commune du Marillais possédait plusieurs moulins à vent. Un "clos du moulin à vent" est signalé en 1608 dans les titres de l'abbaye de Saint-Florent au Marillais mais il devait en réalité se situer sur la paroisse de Bouzillé. Un moulin à énergie éolienne est attesté au village du Seil en 1716 et trois autres au lieu-dit "le Pichon", à quelques centaines de mètres à l'ouest du bourg. L'un des trois avait été bâti par le marchand Pierre Benoit, marchand au Marillais, en 1750. Les deux autres devaient probablement aussi dater de la fin du XVIIIe siècle. Les trois moulins du Pichon figurent sur le cadastre de 1827 (1827 A 766, 768 et 769). Le moulin n°2 fut détruit en 1844 par Marie Lepesteur. Les deux autres, l'un appartenant à Mathurin Gaudin (moulin n°1), l'autre à Pierre Bruneau (moulin n° 3), sont signalés comme brûlés en 1827. Détruits entièrement avant 1861, aucun des trois n'apparaît dans les carnets de patentes du Marillais élaborés à cette date.