Le village dispose d'un petit port au moins depuis le XVIIIe siècle. Situé au sud-ouest du village, le long de la rive du bras de Saint-Jean-de-Boiseau, il sert alors au transport des foins, des osiers et des nattes produites localement. Un poste de douane y contrôlait le trafic local. En 1775, une demeure dite château de Port-Navalo est construite à l'ouest du village, sur le côteau.

En 1836, le village de Boiseau compte 670 habitants. Une large majorité des chefs de famille exerce la profession de cultivateur. La petite agglomération accueille encore à cette époque une quinzaine de tisserands.

A la suite de l'épidémie de choléra qui touche durement le village en 1854, une croix dite de Notre-Dame de la Salette est élevée au sud de la place de la République, en souvenir des victimes.

Par sa proximité avec l'usine d'Indret, le village accueille une importante population ouvrière dès la seconde moitié du XIXe siècle.

A la fin du XIXe siècle, plusieurs guides touristiques mentionnent le village et font état du caractère pittoresque de ses maisons serrées. La visite de Boiseau est également conseillée afin de jouir du panorama sur la Loire et sa vallée depuis le sommet du coteau.

Au tournant des XIXe et XXe siècles, la cale du village est quasiment inutilisable en raison de l'amoncellement des vases dans le petit bras de Loire et de son comblement programmé par les ingénieurs des Ponts et Chaussées. Cette situation est préjudiciable pour les herbagers exploitant encore les prairies des îles de Loire, et dont le transports se fait par voie d'eau.

Entre 1902 et 1906, la commune envisage à plusieurs reprises de déplacer la cale de Boiseau vers l'ouverture amont du bras de Saint-Jean-de-Boiseau, mais sans obtenir un accord de la part du service de la navigation de la Loire.