Le port trouve probablement ses origines au Moyen Âge, étant situé à l'interface entre les terres hautes et le hameau de la Grande Bernegoue, d'une part, la rivière de la Vieille Autise et les marais, d'autre part. Jusqu'au milieu du XIXe siècle, alors que le pont sur la Vieille Autise n'existe pas encore, il prend la forme de deux simples accès à la rivière, enserrant les bâtiments situés à l'ouest et au nord, comme le montre le plan cadastral de 1835.

Le 23 février 1868, le conseil municipal décide d'agrandir le port en faisant l'acquisition du jardin séparant ces deux accès, lié à la maison voisine (34 rue de l'Autize ; parcelle 929 sur le plan de 1835), appartenant à Louis Choisy. Celui-ci s'y refusant, et un accord à l'amiable ne pouvant être trouvé, le conseil demande à ce qu'il y soit contraint par une déclaration d'utilité publique. L'ingénieur des Ponts et Chaussées Espitallier dresse alors un plan des lieux, le 26 mai 1868. Dans le mémoire joint, il plaide pour ce projet, le port recevant de plus en plus de marchandises des environs, notamment les produits agricoles mais aussi des pierres extraites des carrières voisines, et leur transport ne pouvant se faire principalement, dans toute la région, que par voie d'eau. Espitallier explique par ailleurs qu'il existe devant le port un barrage servant à retenir l'eau dans la Vieille Autise en été, barrage qui contraint à transborder les marchandises d'un côté à l'autre, ce que l'interruption du port par le jardin de Choisy ne permet pas. Le 17 octobre 1869, enfin, le conseil municipal approuve le marché passé pour l'agrandissement du port de la Bernegoue avec Pierre Demeocq et Pierre Roux, de Maillé.