Cette maison faisait partie de celles, appelées "huttes", disséminées sur la digue ou Grande levée de Vix par la Société de Vix-Maillezais. Elles étaient habitées par des "huttiers", chargés par la Société de la surveillance de la digue. Comme toutes les huttes, et encore aujourd'hui, ses murs appartiennent à ses occupants tandis que le sol est la propriété de la Société des marais desséchés de Vix-Maillezais. Le site de la Bonde des Jourdain était particulièrement stratégique, avec un passage par bac et surtout la vanne ou bonde qui a donné son nom au lieu.

La hutte, plus petite qu'aujourd'hui, apparaît sur la carte du bassin de la Sèvre Niortaise par Mesnager en 1818, puis sur le plan cadastral de 1836. Elle est alors habitée par Marie-Anne Morin (1778-1854), veuve de Louis Jourdain (1774-1818). Celui-ci, membre de la famille Jourdain chargée de la surveillance de la bonde, était pêcheur mais aussi passagier, tenant le passage par bac. Marie-Anne Morin pour sa part était cabaretière : elle devait tenir un café dans sa hutte.

La hutte a dû être reconstruite, en tout ou partie, à plusieurs reprises au cours des 19e et 20e siècles. Après Marie-Anne Morin, son fils Louis Jourdain (1817-1871), époux de Marie Renoux, y habite, puis le gendre de ce dernier, Alphonse Charbonnier (1848-1922) et son épouse, Adeline Jourdain (1853-1941). Le cadastre mentionne une reconstruction en 1886. Alphonse Charbonnier décède dans sa hutte de la Bonde des Jourdain en 1922.