La maison éclusière a été construite en 1838, avec le creusement du canal du Nouveau Béjou et la construction de son barrage. La date est inscrite sur le mur pignon nord, dans un petit cartouche sur le linteau de la porte. Il s'agit ainsi d'une des maisons éclusières les plus anciennes du Marais poitevin, la plupart des autres ayant été édifiées dans la seconde moitié du 19e siècle. La maison servait à loger l'éclusier chargé de la surveillance et de la manoeuvre du barrage du Nouveau Béjou, lequel se trouvait jusqu'en 1961 au droit du bâtiment, avant d'être transféré 50 mètres en amont. Le magasin ou entrepôt qui prolonge le logement était utilisé pour abriter le matériel du service des Ponts et Chaussées.

La construction de la maison éclusière est envisagée en même temps que le creusement du canal et la construction de son barrage. Les plans de la maison et du barrage sont présentés le 10 février 1836. La maison sera placée dans l'axe du barrage, rive gauche. Le bâtiment, aligné sur le chemin de halage, comprendra une chambre de garde, au nord, et un magasin dans son prolongement, pour un total de 12 mètres de long sur 5,30 de large.

D'importants travaux sont menés sur la maison éclusière et surtout son magasin en 1899. Les grandes sécheresses de 1893 et 1896 ont en effet provoqué des fissures dans le sol qui s'est affaissé lors des inondations de 1896-1897, fragilisant notamment le mur ouest du magasin. La maison, elle, a mieux résisté, étant construite sur un sol plus dur, quand le magasin l'est sur de la terre rapportée. C'est ce que constatent les ingénieurs Martin et Pettit lorsque, le 28 avril 1899, ils présentent leurs plans, devis et cahier des charges pour la réparation du bâtiment. La façade de la maison, simplement lézardée, sera renforcée à l'aide de tirants de fer. Une partie de la charpente et des fondations du magasin est à reprendre, et on aménagera dans un angle du magasin un endroit pour le dépôt des instruments et outils du conducteur des Ponts et Chaussées chargé de la subdivision de Bazoin. Les élévations du magasin seront reprises en piliers de pierre de taille de Benet, avec remplage en briques de La Grève-sur-Mignon. Ces travaux sont adjugés le 26 juillet 1899 à MM. Simonneau et Botton, entrepreneurs, et réceptionnés le 20 octobre 1900.

Pendant une grande partie du 20e siècle, la maison sert de logement de fonction à plusieurs éclusiers successifs et à leurs familles. L'éclusier, employé des Ponts et Chaussées, est chargé des voies d'eau et de leurs berges, notamment à l'aide du bateau faucardeur qui permet de limiter le développement de la végétation. L'éclusier doit également ajouter ou enlever des poutrelles aux barrages afin de réguler le niveau d'eau, ceci jusqu'à la reconstruction des barrages au début des années 1960. Son épouse a aussi un rôle, celui de relever les niveaux d'eau matin et soir et de faire passer les écluses par les bateaux. Après Jean-Baptiste Servant et son épouse dans l'entre-deux-guerres, les derniers éclusiers de Bazoin sont les époux Edmond et Jeanine Caquineau de 1950 environ à 1981, puis Claude et Brigitte Gautier jusqu'en 2000 et 2002. A cette date, la fonction d'éclusier est supprimée et la maison éclusière devient le siège d'une antenne ou centre d'exploitation de la DDE puis, à partir du transfert du domaine public fluvial en 2014, de l'IIBSN. La manoeuvre des barrages, déjà électrifiée depuis les années 1960, est désormais assurée par télégestion.