Cette ferme a succédé à une habitation mentionnée sur la carte de la région par Claude Masse en 1720, puis sur le carte du bassin de la Sèvre Niortaise par Mesnager en 1818, et enfin sur le plan cadastral de 1836. C'est là qu'habitait la famille Jourdain, chargée depuis le début du 18e siècle de surveiller la vanne ou bonde à laquelle elle a donné son nom, pour le compte de la Société des marais desséchés de Vix-Maillezais. Les premiers membres connus de cette famille sont Jean Jourdain (1670-1743), pêcheur, et son épouse François Mimaud (1671-1749). Plusieurs de leurs descendants vivent aux 18e et 19e siècle à la Bonde des Jourdain et aux alentours. Le chef de famille devait habiter cette maison-ci.

Dans le même temps, les marais desséchés situés au nord, appelés le Canton de la Bonde, sont englobés dans le dessèchement de Vix-Maillezais. Ils forment en 1663 une partie du carreau 78 défini dans le partage des marais de la Société de Vix-Maillezais, un carreau alors attribué à Gabriel de Beaumont-Pally, un des principaux membres de la Société. Saisis par ses créanciers, comme la plupart de ses biens, ces marais sont ensuite en partie usurpés et dispersés entre plusieurs propriétaires.

Le plan cadastral de 1836 montre l'habitation, perpendiculaire au Petit canal de la Société comme l'est aujourd'hui l'ancien logement en arrière du logis de la ferme actuelle. La maison, appelée "maison des ponts de la Bonde", appartient alors à Jean Augereau, cultivateur, marié en 1827 avec Marie-Magdeleine Bourgoin, fille de Pierre Bourgoin et de François Jourdain, elle-même fille de Louis Jourdain et Françoise Suire, et descendante de Jean Jourdain et François Mimaud. Les "ponts de la Bonde" en question donnent accès à la Grande levée de Vix et aussi au passage par bac qui se développe au 19e siècle.

Dans la seconde moitié du 19e siècle, devenue une ferme, la propriété appartient à Baptiste Mignonneau (1847-1924), cultivateur, et à son épouse, Marie Bienvenu (1854-1924). Ils procèdent à un agrandissement en 1876 (sans doute l'ancien logement en arrière du logis), puis construisent le nouveau logis, en avant, parallèlement au Petit canal, en 1884. La date, inscrite sur le linteau de la porte, est accompagnée du nom de la fille unique des propriétaires, Marie-Louise Mignonneau (1875-1939), qui épouse en 1900 Louis Guillon (1869-1949) auquel elle apporte la ferme. Celle-ci est ensuite transmise à leur fille, Marie Guillon, et leur gendre, Pierre Denis, colonel d'infanterie puis cultivateur.