La ferme ou cabane de la Millenchère a été créée lors du dessèchement des marais de Vix au milieu du 17 siècle. Lors du partage des marais desséchés entre les membres fondateurs de la Société des marais de Vix-Maillezais, en 1663, elle constitue une partie du carreau 75 (avec le Petit Thairé), attribuée à Gabriel de Beaumont-Pally, demeurant à Chantonnay, un des principaux membres de la Société. Comme tous ses biens, la cabane, qui ne porte pas encore le nom de Millenchère, est saisie à son encontre par ses créanciers.

Au début du 18e siècle, la cabane, qui apparaît sur la carte de la région par Claude Masse en 1720, appartient à Pierre Thomas, sieur de la Sicaudière, procureur du roi à Fontenay-le-Comte, marié à Simone Pichard. En 1748, elle est détenue par son neveu, François Courtinier, chevalier, seigneur de la Millenchère, époux de Marie-Madeleine Desprez, qui lui donne son nom. La cabane passe ensuite à son fils, François Courtinier de la Millanchère, mousquetaire du roi, époux de Marie-Anne-Françoise Gaborit de Tryé, puis au gendre de ce dernier, Marc-Joseph Jarno de Pont jarno, électeur de la noblesse de Poitou en 1789. La famille est malmenée par la Révolution : François-Thomas Courtinier, beau-frère de Pontjarno, dit "le chevalier de la Millenchère", émigré, fait partie de l'armée de Condé et meurt en 1795 ; Pont Jarno lui-même et son épouse, Marie-Anne-François Courtinier de la Millenchère, émigrent dès 1792 et leurs biens sont saisis et vendus comme biens nationaux. La cabane de la Millenchère, exploitée par le sieur Pageaud-Brouard, est ainsi estimée à 36 000 francs le 24 février 1798. Outre les terres, elle comprend une chambre basse, des loges servant d'écuries, un quaireu et un jardin.

Elle est rachetée peu après par Julien-Bonaventure Denfer du Fief (1764-1826), sous-lieutenant de la garde nationale de Fontenay-le-Comte, issu des anciens fermiers généraux de la seigneurie de Vix, et qui possédait déjà d'autres marais voisins. Peu avant sa mort, en 1826, il vend la Millenchère à plusieurs acheteurs, notamment à Catherine Couturier (1761-1831), veuve de Barnabé Giraud de la Chauvinière (1753-1824), ancien chirurgien à Fontenay-le-Comte, membre du Conseil général et officier municipal sous la Révolution. Au cadastre de 1836, la Millenchère appartient à son fils, Olympe Giraud (1796-1867), époux de Rosalie Habert, demeurant à Fontenay-le-Comte. Il fait reconstruire les bâtiments en 1860, selon le cadastre, leur donnant sans doute pour l'essentiel leur aspect actuel.

La Millenchère passe ensuite à son fils, Louis Alfred Giraud (1827-1880), chartiste, conseiller à la Cour d'appel d'Orléans, député monarchiste de la Vendée de 1871 à 1876. Sa propre fille et son gendre, Jules Henri Leshallier de Lisle (1841-1907) en héritent. En 1915, comme la plupart des cabanes de marais desséchés depuis le début du 19e siècle, la Millenchère est dispersée aux enchères. Les bâtiments sont achetés par Alfred Delafoy (1861-1941) époux de Marie-Thérèse Boeuf, cultivateur vizeron. Ils restent dans les mains de ses descendants jusqu'à la fin du 20e siècle.