L'existence de deux autels latéraux en plus du maître-autel est attestée dès le 18e siècle, notamment lors de l'inventaire du mobilier de l'église établi le 1er août 1790. En 1801, Pierre Raison, maréchal-ferrant, effectue des réparations aux autels de sainte Geneviève et saint Pient. En 1835, on souligne le fait que ces autels, en bois peint, sont dénués de marche-pied. Il semble qu'ils disparaissent dans les années 1840, à l'occasion des importants travaux menés à l'église. En 1848, le conseil de fabrique constate ainsi que le bâtiment est dépourvu de petits autels. C'est l'une des motivations du projet de construction de deux chapelles latérales, de part et d'autre de la première travée du chœur, élaboré en 1852 mais resté sans suites.

Les deux autels actuels, leurs retables et, probablement aussi, leurs statues ont sans doute été réalisés à la suite de la décision du conseil de fabrique paroissiale du 3 janvier 1858, portant commande, pour 2100 francs, de deux autels à François Montigny, sculpteur à Fontenay-le-Comte (connu par exemple pour réaliser, à la même époque, l'autel de la chapelle de la Vierge en l'église Notre-Dame de Fontenay-le-Comte, au style similaire à celui des autels de Maillé).

L'autel sud est vouée à saint Pient, un des patrons de la paroisse, honorée depuis le Moyen Age, en particulier le 13 mars. L'autel nord, après avoir été dédié à sainte Geneviève, l'a été à la Vierge : dès l'inventaire des biens de la fabrique paroissiale en 1906, il est indiqué qu'il est voué à la Vierge, alors que l'autel sud l'est à cette époque à saint Joseph, tout en conservant la statue de saint Pient. En mars 1931, les deux autels sont pourvus de petites balustrades données par la famille Baptiste Babin-Gousseau. En décembre suivant, ils sont restaurés par Henri Wagner, sculpteur à Nantes, opération financée par un don d'Adelphine Garreau. La statue de Notre-Dame de Lourdes orne alors l'autel nord d'où a été retirée la statue de sainte Geneviève. Retrouvée dans les années 2000 dans un dépôt de matériaux à l'école privée, celle-ci est restaurée (tête replacée, bras droit reconstitué) et retrouve sa place sur l'autel nord, tandis que la statue de la Vierge est déplacée dans le chœur.